职能部门

• 党委办公室、校长办公室（学校办公室）
• 纪委办公室、纪检监察处
• 组织部
• 宣传部
• 统战部
• 学生处（学生工作部、武装部）
• 教务处（本科生院）
• 研究生处（研究生院）、学位评定委员会办公室
• 科学技术处
• 对外合作交流处
• 财务处
• 人事处
• 审计处
• 离退休工作部门党委、离退休工作处
• 保卫处
• 发展规划处
• 社会科学处
• 资产与实验室管理处
• 基建处
• 职能部门党委
• 校工会（校妇联）
• 校团委
• 国内合作中心
• 招标与采购管理中心
• 校友与教育基金发展中心

教学科研机构

• 马克思主义学院（中共党史党建研究院）
• 文学院
• 历史与档案学院
• 民族学与社会学学院（社会工作学院）
• 政府管理学院
• 工商管理与旅游管理学院（会计学院、滇商学院）
• 经济学院
• 法学院
• 外国语学院
• 新闻学院（南亚东南亚国际传播学院）
• 艺术与设计学院
• 昌新国际艺术学院
• 体育学院（足球学院）
• 国际教育学院
• 国际关系研究院（云南高等研究院区域国别研究中心、区域国别研究院）
• 教育学院
• 数学与统计学院
• 物理与天文学院
• 化学科学与工程学院
• 地球科学学院
• 生态与环境学院
• 生命科学学院
• 医学院
• 信息学院（低空技术研究院）
• 软件学院（人工智能学院）
• 建筑与规划学院
• 材料与能源学院
• 农学院（资源植物研究院）
• 药学院（教育部自然资源药物化学重点实验室）
• 云南马来亚学院（现代工学院）
• 国际河流与生态安全研究院
• 植被结构功能与建造全国重点实验室
• 云南生物资源国家重点实验室
• 古生物研究院
• 生物医药研究院
• 中国（西南）天文研究所
• 生物交叉技术创新中心
• 云南研究院
• 历史文化研究中心

服务保障机构

• 直属单位党委
• 学生就业指导服务中心
• 学生公寓管理中心
• 信息技术中心
• 东陆校区管理中心
• 图书馆
• 档案馆（校史馆、历史博物馆）
• 学报编辑部：《思想战线》
• 学报编辑部：文科学报
• 学报编辑部：理科学报
• 学报编辑部：《云南地理环境研究》
• 出版管理中心（出版社）
• 校园卫生健康管理服务中心（校医院）
• 后勤服务保障中心
• 西南联合研究生院综合事务部
• 资产经营有限责任公司